Тъй като са системно унищожавани през вековете, от богомилските апокрифи оцелява само Тайната книга на богомилите, известна още като Свети Иоанова книга и Иоаново евангелие (написана е в края на ХI или в началото на ХII век). Този първостепенен по значение апокриф е известен с двата си преписа - единият на латински език, т. нар. Каркасонски от ХIV век, запазен в архивите на Инквизицията в Каркасон, а другият - Виенски от ХII век, съхраняван във Виенския пергаментен кодекс. Учените считат, че латинската версия е превод от неизвестен български първоизточник, вероятно от ХII век.
Райнер Сакони обяснява, че Тайната книга е пренесена в Западна Европа към 1190 г. от България и е предадена на епископа на катарското общество - Назарий. Доказателство за българския произход на Иоановото евангелие намираме в края на Каркасонския препис, където се казва: Това е изпълнената със заблуждения книга на еретиците от Конкорецо, донесена от България. В този препис съчинението е означено като тайно (думата апокриф е гръцка и означава скрита, тайна книга), тъй като съдържа съкровените знания на съвършените богомили, които разкриват учението само пред изпитани и достойни свои последователи. Книгата е използвана от италианските катари при техните проповеди.
В анонимен трактат от ХIII век се казва: Еретиците, които имат своя сан от България, вярват и проповядват, че има само един всемогъщ Бог, без начало, Който сътворил ангелите и четирите елемента. Те казват, че Луцифер и неговите съучастници сгрешили на небето...
Казват също, че той, дотогава добър дух, прелъстил ангелите и те били изгонени от небето. Те не загубили обаче божествените дарове, които притежавали. И твърдят, че Луцифер е този именно бог, за който се казва в “Генезиса” (“Битие”), че е създал небето и земята, и други творения за шест дни.
И казват, че той е направил от глина образа на Адам и в този образ е поставил онзи добър ангел, според както се говори в евангелието: Държейки го, той го постави, като казваше: “Върни каквото дължиш!” И после си е направил Ева и чрез нея накарал Адам да сгреши.
Българските богомили наричат Сатанаил и миродържец, и владетел, и земен княз. Неговият образ заема особено място в тяхната космогония като олицетворение на злото и създател на видимия, материалния свят. В някои апокрифи се споменава за ангели, които управляват огъня, мълниите, гърма, горещината, студа, ветровете, облаците, годишните времена. Дадени са имената на архангелите Михаил, Гавраил, Уриил и други
Сатанаил става господар на цялата Земя и на човечеството. Неговото властване, се казва в Тайната книга, ще продължи до идването на Христос. През този хилядолетен период човешкият род ще живее в страдания, заблуди, престъпления и беззакония, измъчван от Сатаната, който го подтиква към греховни и пагубни дела с помощта на своите демони и лъжепророци. Сатанаил не управлява сам. Негови помощници са падналите ангели, които се превърнали в зли духове - демони.
Богомилите учат, че във всеки човек живее зъл дух, който го кара да върши недостойни и грешни дела. Никой не може да се освободи от злите сили, освен получилите духовно кръщение. Според богомилското учение, Бог дава неограничена свобода на дяволите до свършването на седемте века. За да отклони човечеството от божествената истина и живот, Сатанаил използва Мойсей, основателя на еврейската религия, на когото внушава своя закон, чрез който са погубени безброй човешки души, еврейските пророци Енох и Илия, който по-късно се нарича Иоан Кръстител, и други личности от Стария и Новия Завет.
Сатанаил обещава на Бога, че ще осигури местата на падналите от Божието царство ангели с души от човешкия род. Като разбират това, някои от прогонените ангели вземат за съпруги земни жени, за да отидат децата от тези бракове на небето.
Така създават гигантите, които се възбунтуват и привличат срещу Сатанаил измъчваното от него човечество. Той предизвиква световна катастрофа и така унищожава гигантите и всички живи същества. По негово внушение известният патриарх Ной построява специален ковчег (кораб), в който влизат и се спасяват целият му род и животните, които взема със себе си. По този начин човешкият род оцелява, а Сатанаил продължава да го управлява.
Според богомилската христология, Сатанаил тласка хората към грехове и страдания, поради това малцина могат да получат спасение и отидат на небето в Божието царство, и да заемат местата на падналите ангели. Затова Бог се смилява и решава да спаси човешките души от нещастията. Той излъчва през 5500 година от сътворението своя Син и Слово - Иисус Христос. Той се въплъщава на земята, за да изпълни волята на своя небесен Отец и да избави хората от властта на Сатанаил.
Христос привидно изтърпява мъките на кръста, привидно умира на третия ден и след погребението възкръсва. Тогава той побеждава Сатанаил, хвърля го в геената огнена (ада), премахва от името му ангелската сричка ил (така Сатанаил става Сатана). След това Христос се връща на небето и отново се слива със своя Отец, заедно със Светия Дух, който е в него. По този начин се слага край на отделното съществуване на Света Троица - Бог, Син и Свети Дух, което продължило 33 години. Френските катари казват за Троицата, че първоначално тя образува единство, впоследствие се разделя на три при борбата на Христос със Сатанаил, а накрая става отново единна.
Не след дълго окованият в ада Сатана успява да избяга и се завръща на Земята. Неговото мъчително господство над човечеството започва отново. Като владетел на земното царство той принуждава всички властници и царе да бъдат негови служители и да изпълняват заповедите му. Според богомилите, Сатана ще властва само до Второто пришествие (идване) на Христос, когато Той окончателно ще го победи.
Тайната книга на богомилите е основният източник, в който са разкрити космогоничните и есхатологичните им принципи и вярвания. Нейният съставител описва по разбираем начин основните възгледи за: сътворението на света и човека, борбата между Бог и Сатана, спасителната мисия на Христос, свършека на света, Второто пришествие, Страшния съд и бъдещата съдба на праведниците и грешниците. Написана е под формата на диалог между Иисус Христос и неговия любим ученик евангелист Иоан; облегнат на гърдите на своя Учител по време на Тайната вечеря, апостол Иоан му задава въпроси, на които Христос отговаря.
В нея с разказва как безначалният Бог създава Вселената, съставена от седем небеса и четири основни стихии (елемента) - огън, вода, въздух и земя, както и огромен брой ангели, които са служители и войнство в Божието царство. Те са управлявани от архангели, властващи над основните стихии и над седемте небеса. Под последното, първото небе, започва въздушната шир, която обвива отвсякъде земната твърд, а най-долу, на дъното на Вселената, се намира огнената геена (адът).
Освен ангелите, Бог сътворява и своя син и главен помощник, известен като Сатанаил, Самаил или Сатана. От космогоничното описание на богомилите е очевидно, че той, като син на Бога, прилича на Него по външен вид. Задачата му е да следи живота в цялата вселена и да наблюдава работата на безбройните ангели. Въпреки ръководното място, което заема, Сатанаил завижда на славата на своя Отец и решава да стане подобен на Бога-Творец и да създаде собствено царство. Той привлича на своя страна голяма част от ангелите с примамливи обещания за новото царство. След като узнава
В Иоановото евангелие има описание за това, как Сатанаил създава човека, който трябва да прилича на него и да му слугува. Той казва на ангела от третото небе да влезе в глиненото тяло и така сътворява мъжа, а с част от неговото тяло създава жената, в която влиза ангелът от второто небе. По-нататък в книгата пише: Ангелите, щом видяха, че са облечени в смъртна форма и че са различни по вид, много плакаха. Така, според богомилите, е създадена двойствената природа на човека - тялото и душата, греховната и тленна плът и божествената и безсмъртна душа.
След Адам и Ева, Сатанаил сътворява рая и ги въвежда в него. Изпълнен със завист, че хората имат божествено начало, той се разкайва, че ги е създал, и решава да погуби собственото си творение. Сатанаил влиза в змията и съблазнява Ева, за да може да създаде собствен род и потомство, което да владее, и да погуби потомството на Адам. От Сатанаил и Ева се раждат Калмена и Каин, а от Адам и Ева - синът им Авел. Каин убива брат си и така слага началото на убийствата. (В Тайната книга се споменава, че Сатанаил излива в своето потомство отровата на сладострастието.) Разгневен от действията на Сатанаил, Бог решава да го накаже.